Warning: Can't synchronize with repository "(default)" (/home/git/ome.git does not appear to be a Git repository.). Look in the Trac log for more information.

Ticket #11021: wrong-detector-settings-mk1.ome

File wrong-detector-settings-mk1.ome, 11.5 KB (added by jburel, 11 years ago)
Line 
1<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2<OME xmlns="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2012-06"
3        xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
4        xmlns:ROI="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/ROI/2012-06"
5        xmlns:SA="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SA/2012-06"
6        xmlns:SPW="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/SPW/2012-06"
7        xmlns:Bin="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/BinaryFile/2012-06"
8        xmlns:OME="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2012-06"
9        xsi:schemaLocation="http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2012-06
10                            http://www.openmicroscopy.org/Schemas/OME/2012-06/ome.xsd">
11
12        <OME:Project ID="Project:0">
13                <OME:DatasetRef ID="Dataset:0"/>
14                <SA:AnnotationRef ID="Annotation:0"/>
15        </OME:Project>
16        <OME:Dataset ID="Dataset:0">
17                <OME:ImageRef ID="Image:0"/>
18                <SA:AnnotationRef ID="Annotation:1"/>
19        </OME:Dataset>
20        <SPW:Plate ID="Plate:0">
21                <SPW:Description>Plate 0 Description</SPW:Description>
22                <SPW:Well ID="Well:0" Column="1" Row="1" Color="-2147483648" Type="TheWell0Status">
23                        <SPW:WellSample ID="WellSample:0" Index="1">
24                                <OME:ImageRef ID="Image:0"/>
25                        </SPW:WellSample>
26                </SPW:Well>
27                <SA:AnnotationRef ID="Annotation:0"/>
28                <SPW:PlateAcquisition ID="PlateAcquisition:0">
29                        <SPW:Description>Plate Acquisition 0 Description</SPW:Description>
30                        <SA:AnnotationRef ID="Annotation:1"/>
31                </SPW:PlateAcquisition>
32        </SPW:Plate>
33        <SPW:Plate ID="Plate:1"/>
34        <SPW:Screen ID="Screen:0" Name="ScreenName0" ProtocolDescription="Protocol Description Test0"
35                ProtocolIdentifier="ProtocolTest0ID" ReagentSetDescription="Reagents Set XYZ"
36                ReagentSetIdentifier="ReagentsXYZ-ID" Type="ScreenType0">
37                <SPW:Description>Screen 0 Description</SPW:Description>
38                <SPW:Reagent ID="Reagent:0"/>
39                <SPW:PlateRef ID="Plate:0"/>
40                <SA:AnnotationRef ID="Annotation:1"/>
41        </SPW:Screen>
42
43        <SPW:Screen ID="Screen:1" Name="ScreenName1" ProtocolDescription="Protocol Description Test1"
44                ProtocolIdentifier="ProtocolTest1ID" ReagentSetDescription="Reagents Set PQR"
45                ReagentSetIdentifier="ReagentsPQR-ID" Type="ScreenType1">
46                <SPW:Description>Screen 1 Description</SPW:Description>
47                <SPW:Reagent ID="Reagent:1"/>
48                <SPW:PlateRef ID="Plate:1"/>
49                <SPW:PlateRef ID="Plate:0"/>
50                <SA:AnnotationRef ID="Annotation:1"/>
51        </SPW:Screen>
52
53        <SPW:Screen ID="Screen:2" Name="ScreenName2" ProtocolDescription="Protocol Description Test2"
54                ProtocolIdentifier="ProtocolTest2ID" ReagentSetDescription="Reagents Set IJK"
55                ReagentSetIdentifier="ReagentsIJK-ID" Type="ScreenType2">
56                <SPW:Description>Screen 2 Description</SPW:Description>
57                <SPW:Reagent ID="Reagent:2"/>
58                <SA:AnnotationRef ID="Annotation:1"/>
59        </SPW:Screen>
60
61        <SPW:Screen ID="Screen:3" Name="ScreenName3" ProtocolDescription="Protocol Description Test3"
62                ProtocolIdentifier="ProtocolTest3ID" ReagentSetDescription="Reagents Set AJP"
63                ReagentSetIdentifier="ReagentsAJP-ID" Type="ScreenType3">
64                <SPW:Description>Screen 3 Description</SPW:Description>
65                <SPW:Reagent ID="Reagent:3"/>
66                <SPW:PlateRef ID="Plate:0"/>
67                <SA:AnnotationRef ID="Annotation:1"/>
68        </SPW:Screen>
69
70        <OME:Experimenter ID="Experimenter:0"/>
71        <OME:Experimenter ID="Experimenter:1" FirstName="John" MiddleName="Andrew" LastName="Smith"
72                Email="john@example.org"> </OME:Experimenter>
73        <OME:Experimenter ID="Experimenter:2"/>
74        <OME:Experimenter ID="Experimenter:3"/>
75        <OME:Experimenter ID="Experimenter:4"/>
76        <OME:Experimenter ID="Experimenter:5"/>
77        <OME:Experimenter ID="Experimenter:6"/>
78
79        <OME:ExperimenterGroup Name="MyGroup - Leader+Contact match" ID="ExperimenterGroup:Group:0">
80                <Description>A description for my group 0.
81                        Complete with basic formatting, like new lines.</Description>
82                <OME:ExperimenterRef ID="Experimenter:5"/>
83                <Leader ID="Experimenter:0"/>
84        </OME:ExperimenterGroup>
85
86        <OME:ExperimenterGroup Name="MyOtherGroup" ID="ExperimenterGroup:Group:1">
87                <Description>A description for my group 1.
88                        Complete with basic formatting, like new lines.</Description>
89                <OME:ExperimenterRef ID="Experimenter:2"/>
90                <OME:ExperimenterRef ID="Experimenter:3"/>
91                <Leader ID="Experimenter:0"/>
92                <OME:Leader ID="Experimenter:1"/>
93        </OME:ExperimenterGroup>
94
95        <OME:ExperimenterGroup Name="NoMatch" ID="ExperimenterGroup:Group:2">
96                <Description>A description for my group 2.
97                        Complete with basic formatting, like new lines.</Description>
98                <OME:ExperimenterRef ID="Experimenter:4"/>
99                <Leader ID="Experimenter:6"/>
100        </OME:ExperimenterGroup>
101
102        <OME:ExperimenterGroup Name="LeaderMatch" ID="ExperimenterGroup:Group:3">
103                <Description>A description for my group 3.
104                        Complete with basic formatting, like new lines.</Description>
105                <Leader ID="Experimenter:0"/>
106        </OME:ExperimenterGroup>
107        <OME:ExperimenterGroup Name="ContactMatch" ID="ExperimenterGroup:Group:4">
108                <Description>A description for my group 4.
109                        Complete with basic formatting, like new lines.</Description>
110                <OME:Leader ID="Experimenter:0"/>
111        </OME:ExperimenterGroup>
112        <Instrument ID="Instrument:0">
113                <Microscope Type="Inverted" Manufacturer="OME Insturuments" Model="Lab Mk3" SerialNumber="L3-1234"/>
114                <LightSource ID="LightSource:0" Power="200" Manufacturer="OME Lights" Model="Ruby60" SerialNumber="A654321">
115                        <Laser Type="SolidState" LaserMedium="Ruby">
116                                <Pump ID="LightSource:1"/>
117                        </Laser>
118                </LightSource>
119                <LightSource ID="LightSource:1" Power="300" Manufacturer="OME Lights" Model="Arc60" SerialNumber="A123456">
120                        <Arc Type="Xe"/>
121                </LightSource>
122                <Detector ID="Detector:0" Type="CCD" Manufacturer="OME Detectors" Model="Standard CCD Mk2"/>
123                <Objective Correction="UV" Immersion="Air" LensNA="1.2" NominalMagnification="60" CalibratedMagnification="60.12" WorkingDistance="20" ID="Objective:0" Manufacturer="OME Objectives" Model="60xUV-Air"/>
124                <FilterSet ID="FilterSet:0" Manufacturer="OME Filters" Model="Standard Mk3" LotNumber="Lot174-A">
125                        <ExcitationFilterRef ID="Filter:0"/>
126                        <DichroicRef ID="Dichroic:0"/>
127                        <EmissionFilterRef ID="Filter:1"/>
128                </FilterSet>
129                <Filter ID="Filter:0" Manufacturer="OME Filters" Model="Model1" FilterWheel="Disc A">
130                        <TransmittanceRange CutIn="350" CutOut="450" CutInTolerance="10" CutOutTolerance="20" Transmittance="0.3"/>
131                </Filter>
132                <Filter ID="Filter:1" Manufacturer="OME Filters" Model="Delux Mk4" Type="BandPass">
133                        <TransmittanceRange CutIn="560" CutOut="630" CutInTolerance="25" CutOutTolerance="30" Transmittance="0.8"/>
134                </Filter>
135                <Filter ID="Filter:2" Manufacturer="OME Filters" Model="Delux Mk5" Type="BandPass">
136                        <TransmittanceRange CutIn="562" CutOut="633" CutInTolerance="11" CutOutTolerance="23" Transmittance="0.5"/>
137                </Filter>
138                <Filter ID="Filter:3" Manufacturer="OME Filters" Model="Delux Mk6" Type="BandPass">
139                        <TransmittanceRange CutIn="463" CutOut="535" CutInTolerance="21" CutOutTolerance="34" Transmittance="0.7"/>
140                </Filter>
141                <Dichroic ID="Dichroic:0" Model="Standard Mk3" Manufacturer="OME Insturuments"/>
142        </Instrument>
143       
144        <OME:Image ID="Image:0" Name="6x6x1x8-swatch.tif">
145                <OME:AcquisitionDate>2010-02-23T12:51:30</OME:AcquisitionDate>
146                <ExperimenterRef ID="Experimenter:1"/>
147                <Pixels DimensionOrder="XYCZT" ID="Pixels:0:0" PhysicalSizeX="10000.0"
148                        PhysicalSizeY="10000.0" Type="uint8" SizeC="3" SizeT="1" SizeX="6" SizeY="4" SizeZ="1">
149                        <Channel AcquisitionMode="LaserScanningConfocalMicroscopy" Color="-1147483648"
150                                ID="Channel:0">                                 <LightSourceSettings ID="LightSource:0" Attenuation="0.8" Wavelength="510"/>
151                                <DetectorSettings ID="Detector:0" Binning="2x2" Gain="1.2" Offset="0.7" ReadOutRate="3200" Voltage="120"/>
152                                <LightPath>
153                                        <ExcitationFilterRef ID="Filter:3"/>
154                                        <!-- Was SecondaryExcitationFilter-->
155                                        <EmissionFilterRef ID="Filter:2"/>
156                                        <!-- Was SecondaryEmissionFilter-->
157                                </LightPath>
158</Channel>
159                        <Channel AcquisitionMode="LaserScanningConfocalMicroscopy" Color="-1474836488"
160                                ID="Channel:1">                                 <LightSourceSettings ID="LightSource:0" Attenuation="0.8" Wavelength="510"/>
161                                <DetectorSettings ID="Detector:1" Binning="2x2" Gain="1.2" Offset="0.7" ReadOutRate="3200" Voltage="120"/>
162                                <LightPath>
163                                        <ExcitationFilterRef ID="Filter:3"/>
164                                        <!-- Was SecondaryExcitationFilter-->
165                                        <EmissionFilterRef ID="Filter:2"/>
166                                        <!-- Was SecondaryEmissionFilter-->
167                                </LightPath>
168</Channel>
169                        <Channel AcquisitionMode="MultiPhotonMicroscopy" Color="-2144364811" ID="Channel:2">                            <LightSourceSettings ID="LightSource:0" Attenuation="0.8" Wavelength="510"/>
170                                <DetectorSettings ID="Detector:2" Binning="2x2" Gain="1.2" Offset="0.7" ReadOutRate="3200" Voltage="120"/>
171                                <LightPath>
172                                        <ExcitationFilterRef ID="Filter:3"/>
173                                        <!-- Was SecondaryExcitationFilter-->
174                                        <EmissionFilterRef ID="Filter:2"/>
175                                        <!-- Was SecondaryEmissionFilter-->
176                                </LightPath>
177</Channel>
178                        <Bin:BinData BigEndian="false" Length="32"
179                                >/wCrzur//wB5oMPi/wBIbJO3AP8ePGCF</Bin:BinData>
180                        <Bin:BinData BigEndian="false" Length="32"
181                                >AP+rzuv/AAB5n8Pi/wBHbJO3//8dPGCF</Bin:BinData>
182                        <Bin:BinData BigEndian="false" Length="32"
183                                >//+szuv/AP95n8PiAABHbZO3AP8dPF+G</Bin:BinData>
184                </Pixels>
185                <ROI:ROIRef ID="ROI:0"/>
186                <ROI:ROIRef ID="ROI:1"/>
187                <ROI:ROIRef ID="ROI:2"/>
188        </OME:Image>
189        <SA:StructuredAnnotations>
190                <SA:XMLAnnotation ID="Annotation:0">
191                        <SA:Value>
192                                <test1/>
193                        </SA:Value>
194                </SA:XMLAnnotation>
195                <SA:XMLAnnotation ID="Annotation:1">
196                        <SA:Value>
197                                <test2/>
198                        </SA:Value>
199                </SA:XMLAnnotation>
200        </SA:StructuredAnnotations>
201        <ROI:ROI ID="ROI:0">
202                <ROI:Union>
203                        <ROI:Shape ID="Shape:0" TheC="0">
204                                <ROI:Point X="1" Y="1"/>
205                        </ROI:Shape>
206                </ROI:Union>
207        </ROI:ROI>
208        <ROI:ROI ID="ROI:1">
209                <ROI:Union>
210                        <ROI:Shape ID="Shape:1" FillRule="NonZero" FontFamily="sans-serif" FontSize="1"
211                                FontStyle="Bold" LineCap="Butt" StrokeDashArray="1" StrokeWidth="1" TheC="2"
212                                FillColor="1" StrokeColor="1" Text="Hello">
213                                <ROI:Point X="1" Y="1"/>
214                        </ROI:Shape>
215                </ROI:Union>
216                <ROI:Description>ROI 1 Upgradable description.</ROI:Description>
217        </ROI:ROI>
218        <ROI:ROI ID="ROI:2">
219                <ROI:Union>
220                        <ROI:Shape ID="Shape:2" FillRule="EvenOdd" Text="Hi There! (from shape 2)">
221                                <ROI:Rectangle X="1" Y="2" Width="3" Height="4"/>
222                                <ROI:Transform A00="10" A10="20" A01="30" A11="40" A02="50" A12="60"/>
223                        </ROI:Shape>
224                        <ROI:Shape ID="Shape:3" FillRule="EvenOdd" FontStyle="Normal" FontFamily="serif"
225                                Text="Hello World Text Value!(from shape 3)">
226                                <ROI:Label X="1" Y="1"/>
227                        </ROI:Shape>
228                        <ROI:Shape ID="Shape:4" StrokeWidth="2" StrokeColor="15">
229                                <ROI:Polygon Points="1,1 10,20, 20,20 20,10"/>
230                        </ROI:Shape>
231                        <ROI:Shape ID="Shape:5" StrokeWidth="2" StrokeColor="16">
232                                <ROI:Polyline Points="15,15 15,25, 25,25 25,15" MarkerStart="Arrow"
233                                        MarkerEnd="Arrow"/>
234                        </ROI:Shape>
235                        <ROI:Shape ID="Shape:6" StrokeWidth="2" StrokeColor="161">
236                                <ROI:Polyline Points="1.1,1.1 10.1,20.1, 20.1,20.1 20.1,10.1" MarkerStart="Circle"/>
237                        </ROI:Shape>
238                        <ROI:Shape ID="Shape:7" StrokeWidth="2" StrokeColor="17">
239                                <ROI:Line X1="1.7" Y1="2.7" X2="3.7" Y2="4.7" MarkerStart="Square"
240                                        MarkerEnd="Circle"/>
241                        </ROI:Shape>
242                        <ROI:Shape ID="Shape:8" StrokeWidth="2" StrokeColor="171">
243                                <ROI:Line X1="1.71" Y1="2.71" X2="3.71" Y2="4.71" MarkerEnd="Circle"/>
244                        </ROI:Shape>
245                        <ROI:Shape ID="Shape:9" StrokeWidth="2" StrokeColor="172">
246                                <ROI:Line X1="1.72" Y1="2.72" X2="3.72" Y2="4.72" MarkerEnd="Circle"/>
247                        </ROI:Shape>
248
249                </ROI:Union>
250        </ROI:ROI>
251        <ROI:ROI ID="ROI:3">
252                <ROI:Union>
253                        <ROI:Shape ID="Shape:11" Visible="false" Text="Removed Path">
254                                <ROI:Label X="0" Y="0"/>
255                        </ROI:Shape>
256                </ROI:Union>
257        </ROI:ROI>
258        <ROI:ROI ID="ROI:4">
259                <ROI:Union>
260                        <ROI:Shape ID="Shape:12" Visible="false" Text="Removed Path">
261                                <ROI:Label X="0" Y="0"/>
262                        </ROI:Shape>
263                        <ROI:Shape ID="Shape:13" Visible="false" Text="Removed Path">
264                                <ROI:Label X="0" Y="0"/>
265                        </ROI:Shape>
266                </ROI:Union>
267        </ROI:ROI>
268</OME>

1.3.13-PRO © 2008-2011 Agilo Software all rights reserved (this page was served in: 0.42346 sec.)

We're Hiring!